《實施方案》對全國秸稈綜合利用現狀進行了深入分析，提出要全面落實科學發展觀，堅持資源節約和環境保護基本國策，以提高秸稈綜合利用率為目標，以科技創新為動力，以制度創新為保障，發揮市場機制作用，深入研究和完善鼓勵秸稈綜合利用配套政策措施，因地制宜推進秸稈綜合利用工作，逐步形成秸稈綜合利用的長效機制，促進秸稈的資源化、商品化利用，培育和壯大秸稈綜合利用產業，帶動農村經濟社會發展。圍繞秸稈肥料化、飼料化、基料化、原料化、燃料化等五個領域開展綜合利用：
（一）秸稈肥料化利用，繼續推廣普及保護性耕作技術，通過鼓勵農民使用機械（
秸稈粉碎機）還田等方式，有效提高秸稈肥料利用率。二是秸稈飼料化利用，在秸稈資源豐富的牛羊養殖優勢區，鼓勵養殖場（戶）或秸稈飼料加工企業用秸稈顆粒機、飼料顆粒機等制作青貯、氨化、微貯或顆粒等秸稈飼料。三是秸稈基料化利用，推進農業轉型升級，轉變農業發展方式，加快建設高效生態的現代農業，繼續重點推廣企業加農戶的經營模式，建設一批秸稈栽培食用菌生產基地。四是秸稈原料化利用，不斷提高秸稈工業化利用水平，科學利用秸稈制槳造紙，積極發展秸稈生產板材和制作工藝品，試點建設秸稈生產木糖醇、秸稈生產活性炭等工程。五是秸稈燃料化利用，大力發展秸稈沼氣、秸稈固化成型燃料，提高可再生能源在能源結構中的比例，農作物秸稈可以經過秸稈顆粒機、秸稈壓塊機壓制成生物質顆粒燃料。
（二）秸稈原料化示范工程。重點在糧棉主產區開展專項示范工程，從政策、資金和有效運營等方面對秸稈人造板、木塑產業、秸稈清潔造紙給予扶持。引進創新秸稈纖維原料加工技術，形成規范、專業、科學的秸稈纖維原料基地布局。鼓勵秸稈制槳造紙清潔生產技術研發推廣，支持成熟的秸稈制槳造紙清潔化新技術產業化發展，為循環利用積累經驗。建立秸稈代木產業示范基地，選取部分秸稈人造板、木塑裝備制造企業，一批秸稈人造板、木塑生產企業，給予重點支持，加快發展壯大，力爭實現年消耗秸稈量1500-2000萬噸。
（三）能源化利用示范工程。結合新農村建設，以村為單元，啟動實施以秸稈沼氣集中供氣、秸稈固化成型燃料及高效低排放生物質爐具等為主要建設內容的秸稈清潔能源入農戶工程，探索有效的項目商業運行模式。在已開展纖維原料生產乙醇的基礎上，積極探索秸稈纖維乙醇產業化技術，支持實力雄厚、具備研發生產基礎的企業，開展試點示范，重點解決預處理、轉化酶等技術難題。力爭到2015年，重點在糧棉主產區的示范村，秸稈清潔能源入農戶項目村入戶率達到80%以上，年秸稈能源化利用量約3000萬噸，占項目區年秸稈總量的30%以上。
（四）棉稈綜合利用專項工程。在棉花主產區建立棉稈綜合利用產業化示范工程，支持利用稈皮、稈芯生產高強低伸性纖維（造紙制漿原料）、人造板、紡織工業用纖維以及其它工業用增強纖維等。探索棉稈綜合利用的最優模式。
（五）秸稈收儲運體系工程。探索建立有效的秸稈田間處理、收集、儲存及運輸系統模式。加快建立以市場需求為引導，企業為龍頭，專業合作經濟組織為骨干，農戶參與，政府推動，市場化運作，多種模式互為補充的秸稈收集儲運管理體系。
（六）產學研技術體系工程。圍繞秸稈綜合利用中的關鍵技術瓶頸，遴選優勢科研單位和龍頭企業開展聯合攻關，提升秸稈綜合利用技術水平。組織力量開展技術研發、技術集成，加大機械設備開發力度，引進消化吸收適合中國國情的國外先進裝備和技術。建立配套的技術標準體系，盡快形成與秸稈綜合利用技術相銜接、與農業技術發展相適宜、與農業產業經營相結合、與農業裝備相配套的技術體系。加快建立秸稈相關產品的行業標準、產品標準、質量檢測標準體系，規范生產和應用。
